Hiến pháp được Loya jirga 2003 phê chuẩn đã quy định chính phủ theo hình thức nhà nước Cộng hòa Hồi giáo gồm ba nhánh, (hành pháp, lập pháp và tư pháp).

Tổng thống Afghanistan là nguyên thủ quốc gia và đứng đầu hành pháp. Tổng thống cũng giữ vai trò là người đứng đầu Nội các Afghanistan. Tổng thống hiện thời là ông Ashraf Ghani. Điều hành cấp cao Afghanistan là chức vụ mới được tạo thành từ năm 2014 theo Hiến pháp mới, có vai trò tương tự như Thủ tướng, chủ trì các cuộc họp hàng tuần của Hội đồng Bộ trưởng, đưa ra các khuyến nghị chính sách cho Tổng thống, cũng như có thể đề cử các ứng viên Bộ trưởng cho nội các Afghanistan. Điều hành cấp cao hiện tại là ông Abdullah Abdullah, được Tổng thống bổ nhiệm từ ngày 29 tháng 9 năm 2014.

Quốc hội Afghanistan lưỡng viện gồm: Viện trưởng lão (Meshrano Jirga) là thượng viện và Viện Nhân dân (Wolesi Jirga) là hạ viện. Trong số những đại biểu có cả các cựu thành viên mujahadeen, Taliban, cộng sản, những người cải cách, và Những người theo trào lưu chính thống Hồi giáo. 28% đại biểu là phụ nữ, lớn hơn 3% so với con số 25% tối thiểu do hiến pháp quy định. Điều này khiến Afghanistan, một nước từ lâu đã nổi tiếng về sự đàn áp phụ nữ thời Taliban, trở thành một trong những nước đứng đầu về số đại biểu nữ giới.

Địa giới hành chính

Về hành chính, Afghanistan được chia thành ba tư tỉnh (welayats) và mỗi tỉnh có một trung tâm riêng.

Mỗi tỉnh lại được chia tiếp thành quận/huyện và mỗi quận thường gồm một thành phố hay nhiều thị trấn.

Thống đốc tỉnh do Bộ nội vụ và các Quận trưởng cảnh sát chỉ định, người đứng đầu các quận do thống đốc chỉ định. Thống đốc là người đại diện của chính phủ và chịu trách nhiệm về mọi vấn đề hành chính và nghi lễ. Lãnh đạo cảnh sát và an ninh thường do Bộ nội vụ chỉ định và làm việc cùng với Thống đốc để bảo đảm an ninh.

Riêng Kabul là nơi Thị trưởng thành phố do Tổng thống lựa chọn và hoàn toàn độc lập với quận trưởng Tỉnh Kabul.

Lực lượng bảo vệ quốc gia

Afghanistan hiện có lực lượng cảnh sát 60.000 người. Nước này đang đặt kế hoạch tuyển dụng thêm 20.000 sĩ quan cảnh sát khác đưa con số lên tới 80.000 người. Dù về mặt chính thức cảnh sát chịu trách nhiệm giữ gìn trật tự dân sự, các lãnh đạo quân sự địa phương và vùng tiếp tục nắm quyền kiểm soát tại những vùng chưa ổn định. Cảnh sát đã bị buộc tội đối xử không thích hợp và tra tấn các tù nhân. Năm 2003 khu vực ủy nhiệm của Lực lượng Hỗ trợ An ninh Quốc tế, hiện thuộc quyền chỉ huy của Tổ chức Hiệp ước Bắc Đại Tây Dương (NATO) đã được mở rộng tới vùng Kabul. Tuy nhiên tại một số vùng không thuộc quyền ủy nhiệm của lực lượng trên, các du kích địa phương vẫn nắm quyền kiểm soát. Ở nhiều vùng, các vụ phạm pháp không thể được điều tra bởi thiếu sự có mặt của lực lượng cảnh sát và/hay hệ thống thông tin liên lạc. Binh lính thuộc Quân đội Quốc gia Afghanistan đã được phái tới giữ gìn an ninh tại những nơi thiếu sự hiện diện của cảnh sát.[41]

Nhân quyền

Nhà báo ở Afghanistan đối mặt với mối đe dọa từ cả lực lượng an ninh và quân nổi dậy.[42] Ủy ban An toàn Nhà báo Afghanistan (AJSC) năm 2017 tuyên bố rằng chính phủ Afghanistan chiếm 46% các cuộc tấn công vào nhà báo Afghanistan, trong khi quân nổi dậy chịu trách nhiệm cho phần còn lại của các cuộc tấn công.[43]

Đồng tính luyến ái là bất hợp pháp và là một hành vi phạm tội tử hình ở Afghanistan.[44]